一、增值税的正常逻辑是进项销项相抵的一般纳税人逻辑，小规模纳税人是针对小企业的特例，哪一种情况对于企业更有利显然不能一概而论。
二、一般纳税人与小规模纳税人的增值税税负比较
小规模通常为3%征收率，一般纳税人按照行业不同分为16%、10%和6%三类税率（由于官方还没有出台正式的文件，本文暂以现行税率为例进行分析），对于一个企业而言，要综合考虑进销项情况测算一般纳税人税负，对于增值税专用发票容易取得的，或者进项占比较高的情况下，一般纳税人会比较适合，反之增值税专用发票不易取得，或者进项占比非常低的行业，小规模纳税人比较适合。
一个比较典型的行业是物业企业，一般纳税人税率是6%，但大量的成本都是人力成本，无法抵扣进项，因此物业企业选择小规模纳税人的3%税负较低，因此对于物业企业而言，如果不考虑小规模纳税人的其他局限性的话，选择小规模在增值税上是有利的。如果规模继续扩大，以分公司模式设立多个小规模纳税主体的做法非常常见。
三、一般纳税人与小规模纳税人税收优惠比较
通常情况下一般纳税人还是小规模纳税人并不影响税收优惠政策的 享受，如高新技术企业、研发费用加计扣除等，唯一影响的是小规模纳税人的特殊优惠：月销售额10万元以内增值税免税。具体优惠政策详见《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税政策有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第4号）文件，此处不再赘述。
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需要关注的是，小企业的另一个重大优惠——小型微利企业的所得税优惠政策，无论是小规模还是一般纳税人均可享受，只要符合小型微利企业的关于人数、资产和利润的三大要求即可。所得税优惠同增值税优惠是完全不同的两个体系，不能混为一谈。
四、小规模纳税人与一般纳税人的灵活性比较
小规模纳税人随时可以转化为一般纳税人，而一般纳税人不能随时转化为小规模纳税人，这说明双方转换的灵活性不同。
1、小规模纳税人转化为一般纳税人
第一种情况，小规模纳税人达到500万销售额的上限后，会强制转为一般纳税人；
第二种情况，小规模企业年应税销售额虽然未超过规定标准，但如果会计核算健全，能够提供准确税务资料的，可以向主管税务机关办理一般纳税人登记。这个是自愿的，根据企业情况可自行选择。
2、一般纳税人转化为小规模纳税人
正常情况下，一般纳税人不能转回小规模纳税人，但在营改增后给出了特殊处理。按照《国家税务总局关于统一小规模纳税人标准等若干增值税问题的公告》（国家税务总局公告2018年第18号）文件规定，生产型、商业型企业连续12个月或者连续4个季度累计销售额未超过500万元的一般纳税人，在2019年末前，可选择转登记为小规模纳税人。特别注意营改增企业直接按照500万认定的一般纳税人不能转回小规模纳税人。
五、小规模纳税人与一般纳税人的其他比较
从经营的规范程度和经营主体的公信力来讲，一般纳税人显然是远超小规模纳税人的，甚至在很多行业的招标和合作伙伴选择中，小规模纳税人基本被排斥在外，因此要做综合考量，不能一概而论。
